Bazylia cytrynowa ma wyjątkowo świeży, cytrusowy aromat, przez co doskonale pasuje do potraw z ryb. Jest doskonałą przyprawą do sosów, sałatek, zup i potraw z drobiu, wieprzowiny, owoców morza, twarogów, jaj oraz masła ziołowego. Używa się jej również do aromatyzowania octu, oliwy i oleju. Najbardziej znane danie, którego jest podstawą to włoskie pesto. Liście można mrozić, suszyć, albo przechowywać w oliwie z solą lub w samej soli. Jest jednym z ziół prowansalskich.